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【推荐语】
本书是分子生物学领域的经典巨著、生命科学前沿科研的实验室“圣经”，自1982年问世以来便受到世界关注，后经1989、2001年两次再版，一直是科学实验和技术领域的中流砥柱，本书提供的精妙的实验室方案使它成为分子生物学领域的黄金标准。该书在整个生命科学领域，尤其是分子生物学领域发挥着不可或缺的基石作用，对人类生物技术的未来也将施以辐射式的深远影响。
【内容】
分子克隆技术30多年来一直是全球生命科学领域实验室专业技术的基础。冷泉港实验室出版社出版的《分子克隆实验指南》一书拥有的可靠性和权威性，使《分子克隆实验指南（原书第四版）（上、中、下册）》成为业内*流行、*具影响力的实验室操作指南。
第四版的《分子克隆实验指南》保留了之前版本中备受赞誉的细节和准确性，10个原有的核心章节经过更新，反映了标准技术的发展和创新，并介绍了一些前沿的操作步骤。同时还修订了第三版中的核心章节，以突出现有的核酸制备和克隆、基因转移及表达分析的策略和方法，并增加了12个新章节，专门介绍*激动人心的研究策略，包括利用DNA甲基化技术和染色质免疫沉淀的表观遗传学分析、RNAi、新一代测序技术，以及如何处理数据生成和分析的生物信息学，例如介绍了分析工具的使用，如何比较基因和蛋白质的序列，鉴定多个基因的常见表达模式等。《分子克隆实验指南（原书第四版）（上、中、下册）》还保留了必不可少的附录，包括试剂和缓冲液、常用技术、检测系统、一般安全原则和危险材料。
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【目录】
目录
上册
第1章 DNA的分离及定量 1
导言 2
方案1 SDS碱裂解法制备质粒DNA：少量制备 9
方案2 SDS碱裂解法制备质粒DNA：大量制备 12
方案3 从革兰氏阴性菌（如Ecolz中分离DNA 15
方案4 乙醇法沉淀DNA 17
方案5 异丙醇法沉淀DNA 21
方案6 用微量浓缩机进行核酸的浓缩和脱盐 22
方案7 丁醇抽提法浓缩核酸 23
方案8 聚乙二醇沉淀法制备Ml3噬菌体单链DNA 24
方案9 Ml3噬菌体铺平板 27
方案10 Ml3噬菌体液体培养 30
方案11 Ml3噬菌体双链（复制型）DNA的制备 32
方案12 利用有机溶剂分离纯化高分子质量DNA 35
方案13 用蛋白酶K和苯酚从哺乳动物细胞中分离高分子质量DNA 37
方案14 一步法同时提取细胞或组织中的DNA、RNA和蛋白质 43
方案15 从鼠尾或其他小样本中制备基因组DNA 46
替代方案：不使用有机溶剂从鼠尾分离DNA 48
替代方案：一管法从鼠尾中分离DNA 49
方案16 快速分离酵母DNA 50
方案17 微型凝胶电泳后使用溴化乙锭(EB)估算条带中DNA数量 52
方案18 利用Hoechst33258通过荧光分析仪估算DNA浓度 53
方案19 用PicoGreen定量溶液中的DNA 55
信息栏 56
第2章 DNA分析 62
导言 63
方案1 琼脂糖凝胶电泳 73
方案2 琼脂糖凝胶中DNA的染色检测 76
方案3 聚丙烯酰胺凝胶电泳 80
方案4 聚丙烯酰胺凝胶中DNA的染色检测 85
方案5 聚丙烯酰胺凝胶中DNA的放射自显影检测 86
方案6 碱性琼脂糖凝胶电泳 87
附加方案：碱性琼脂糖凝胶的放射自显影 90
方案7 成像：放射自显影和感光成像 91
方案8 用玻璃珠从琼脂糖凝胶中回收DNA 96
方案9 低熔点琼脂糖凝胶中DNA的回收：有机溶剂抽提法 98
方案10 聚丙烯酰胺凝胶中DNA片段的回收：压碎与浸泡法 101
方案11 Southern印迹 103
方案12 Southern印迹：DNA从一块琼脂糖凝胶同时向两张膜转移 110
方案13 采用放射性标记探针对固定在膜上的核酸DNA进行Southern杂交 112
附加方案：从膜上洗脱探针 117
信息栏 119
第3章 质粒载体克隆与转化 122
导言 123
方案1 制备和转化感受态大肠杆菌的Hanahan方法：高效转化策略 126
方案2 制备和转化感受态大肠杆菌的Inoue方法：“超级感受态”细胞 131
方案3 大肠杆菌的简单转化：纳米颗粒介导的转化 135
替代方案：一步法制备感受态大肠杆菌：在同一溶液中转化和储存细菌细胞 136
方案4 电穿7L法转化大肠杆菌 138
方案5 质粒载体克隆：定向克隆 143
方案6 质粒载体克隆：平末端克隆 145
方案7 质粒DNA的去磷酸化 148
方案8 向平末端DNA添加磷酸化衔接子／接头 150
方案9 克隆PCR产物：向扩增DNA的末端添加限制性酶切位点 151
方案10 克隆PCR产物：平末端克隆 154
方案11 克隆PCR产物：制各T载体 157
方案12 克隆PCR产物：TA克隆 159
方案13 克隆PCR产物：TOPO TA克隆 161
方案14 使用X-Gal和IPTG筛选细菌菌落：a-互补 165
信息栏 167
第4章 Gateway重组克隆 205
导言 206
方案1 扩增Gatewav载体 210
方案2 制备可读框入门克隆和目的克隆 213
方案3 应用多位点LR克隆反应制备目的克隆 219
信息栏 222
第5章 细菌人工染色体及其他高容量载体的应用 223
导言 224
方案1 BAC DNA的小量分离和PCR检验 235
方案2 BAC DNA的大量制备和线性化 238
方案3 通过脉冲电场凝胶电泳检验BAC DNA的质量和数量 241
方案4 两步BAC工程：穿梭载体DNA的制备 242
方案5 A同源臂(A-Box)和B同源臂(B-Box)的制备 244
方案6 克隆A和B同源臂到穿梭载体 247
方案7 重组穿梭载体的制备和检验 249
方案8 通过电穿7L法转化重组穿梭载体到感受态BAC宿主细胞 251
方案9 共合体的检验和重组BAC克隆的筛选 253
方案10 一步BAC修饰：质粒制备 256
方案11 A同源臂(A-Box)的制备 259
方案12 克隆A同源臂到报道穿梭载体 260
方案13 用RecA载体转化BAC宿主 263
方案14 转移报道载体到BACiRecA细胞以及共合体的筛选 265
方案15 酿酒酵母(S.cerevisiae)的生长和DNA制备 267
方案16 酵母DNA的小量制备 269
信息栏 270
第6章 真核细胞RNA的提取、纯化和分析 275
导言 276
方案1 从哺乳动物的细胞和组织中提取总RNA 279
替代方案 从小量样本提取RNA 281
方案2 从斑马鱼胚胎和成体中提取总RNA 282
方案3 从黑腹果蝇提取总RNA 283
方案4 从秀丽隐杆线虫中提取总RNA 285
方案5 从酿酒酵母菌中采用热酸酚提取总RNA 287
方案6 RNA定量和储存 289
方案7 RNA的乙醇沉淀 295
方案8 通过无RNase的DNaseI处理去除RNA样品中的DNA污染 297
方案9 oligo(dT)磁珠法提取poly(A)+mRNA 298
方案10 按照大小分离RNA：含甲醛的琼脂糖凝胶电泳 308
方案11 根据分子质量大小分离RNA: RNA的尿素变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 312
方案12 琼脂糖凝胶中变性RNA的辖膜和固定 319
替代方案 下行毛细管转移 323
方案13 聚丙烯酰胺凝胶的电转移和膜固定 325
方案14 Northern杂交 327
方案15 纯化RNA的点杂交和狭缝杂交 330
方案16 用核酸酶Sl对RNA作图 342
方案17 核糖核酸酶保护分析：用核糖核酸酶和放射性标记的RNA探针对RNA作图 349
方案18 引物延伸法分析RNA 355
信息栏 359
第7章 聚合酶链反应 363
导言 364
方案1 基础PCR 375
方案2 热启动PCR 380
方案3 降落PCR 383
方案4 高GC含量模板的PCR扩增 385
方案5 长片段高保真PCR (IA PCR) 390
方案6 反向PCR 393
方案7 巢式PCR 397
方案8 mRNA反转录产物cDNA的扩增：两步法RT-PCR 400
方案9 由mRNA的5'端进行序列的快速扩增：5'-RACE 409
方案10 由mRNA的3'端进行序列的快速扩增：3 '-RACE 416
方案11 使用PCR筛选克隆 422
信息栏 424
第8章 生物信息学 431
导言 432
方案1 使用ucsc基因组浏览器将基因组注释可视化 434
方案2 使用BLAST和ClustalW进行序列比对和同源性检索 444
方案3 使用Primer3Plus设计PCR引物 450
方案4 使用微阵列和RNA-seq进行表达序列谱分析 461
方案5 将上亿短读段定位至参考基因组上 472
方案6 识别ChIP-seq数据集中富集的区域（寻峰） 483
方案7 发现顺式调控基序 495
信息栏 503
中册
第9章 实时荧光聚合酶链反应定量检测DNA及RNA 509
导言 510
方案1 实时PCR反应用引物和探针浓度的优化 532
方案2 制作标准*线 537
方案3 实时荧光PCR定量检测DNA 540
方案4 实时荧光PCR定量检测RNA 542
方案5 实时荧光PCR实验数据的分析和归一化 545
信息栏 550
第10章 核酸平台技术 551
导言 552
方案1 即制微阵列 560
方案2 Round AiRoundB DNA扩增 564
方案3 核小体DNA和其他小于500bp的DNA的T7线性扩增(TIAD) 567
方案4 RNA的扩增 572
方案5 RNA的Cvanine-dUTP直接标记 578
方案6 RNA的氨基烯丙基-dUTP间接标记 581
方案7 用Klenow酶对DNA进行Cyanine-dCTP标记 583
方案8 DNA的间接标记 585
方案9 封闭自制微阵列上的多聚赖氨酸 587
方案10 自制微阵列的杂交 589
第11章 DNA测序 595
导言 596
方案1 毛细管测序质粒亚克隆的制备 620
方案2 毛细管测序之PCR产物的制备 625
方案3 循环测序反应 627
方案4 全基因组：手工文库制备 630
方案5 全基因组：自动化的无索引文库制备 636
附加方案 自动化的文库制备 642
方案6 全基因组：自动化的带索引文库制备 644
方案7 用于Illumina测序的3kb末端配对文库的制备 651
方案8 用于Illumina测序的8kb末端配对文库的制备 659
附加方案 AMPure磁珠校准 671
方案9 RNA—Seq:RNA反转录为cDNA及其扩增 673
附加方案 RNACleanⅪ’磁珠纯化/RNA—Seq前） 679
方案10 液相外显子组捕获 680
附加方案 AMPure XP磁珠纯化 688
附加方案 琼脂糖凝胶大小筛选 689
方案11 自动化大小筛选 690
方案12 用SYBR Green-qPCR进行文库定量 693
方案13 用PicoGreen荧光法进行文库DNA定量 696
方案14 文库定量：用Qubit系统对双链或单链DNA进行荧光定量 700
方案15 为454测序制备小片段文库 702
方案16 单链DNA文库的捕获及emPCR 708
方案17 Rochei454测序：执行一个测序运行 714
方案18 结果有效性确认 721
方案19 测序数据的履量评估 723
方案20 数据分析 724
信息栏 725
第12章 哺乳动物细胞中DNA甲基化分析 729
导言 730
方案1 DNA亚硫酸氢盐测序法检测单个核苷酸的甲基化 735
方案2 甲基化特异性聚合酶链反应法检测特定基因的DNA甲基化 742
方案3 基于甲基化胞嘧啶免疫沉淀技术的DNA甲基化分析 745
方案4 高通量深度测序法绘制哺乳动物细胞DNA甲基化图谱 749
方案5 亚硫酸氢盐转化的DNA文库的Roche454克隆测序 760
方案6 亚硫酸氢盐转化的DNA文库的Illumina测序 765
信息栏 770
第13章 标记的DNA探针、RNA探针和寡核苷酸探针的制备 775
导言 776
上册
第1章 DNA的分离及定量 1
导言 2
方案1 SDS碱裂解法制备质粒DNA：少量制备 9
方案2 SDS碱裂解法制备质粒DNA：大量制备 12
方案3 从革兰氏阴性菌（如Ecolz中分离DNA 15
方案4 乙醇法沉淀DNA 17
方案5 异丙醇法沉淀DNA 21
方案6 用微量浓缩机进行核酸的浓缩和脱盐 22
方案7 丁醇抽提法浓缩核酸 23
方案8 聚乙二醇沉淀法制备Ml3噬菌体单链DNA 24
方案9 Ml3噬菌体铺平板 27
方案10 Ml3噬菌体液体培养 30
方案11 Ml3噬菌体双链（复制型）DNA的制备 32
方案12 利用有机溶剂分离纯化高分子质量DNA 35
方案13 用蛋白酶K和苯酚从哺乳动物细胞中分离高分子质量DNA 37
方案14 一步法同时提取细胞或组织中的DNA、RNA和蛋白质 43
方案15 从鼠尾或其他小样本中制备基因组DNA 46
替代方案：不使用有机溶剂从鼠尾分离DNA 48
替代方案：一管法从鼠尾中分离DNA 49
方案16 快速分离酵母DNA 50
方案17 微型凝胶电泳后使用溴化乙锭(EB)估算条带中DNA数量 52
方案18 利用Hoechst33258通过荧光分析仪估算DNA浓度 53
方案19 用PicoGreen定量溶液中的DNA 55
信息栏 56
第2章 DNA分析 62
导言 63
方案1 琼脂糖凝胶电泳 73
方案2 琼脂糖凝胶中DNA的染色检测 76
方案3 聚丙烯酰胺凝胶电泳 80
方案4 聚丙烯酰胺凝胶中DNA的染色检测 85
方案5 聚丙烯酰胺凝胶中DNA的放射自显影检测 86
方案6 碱性琼脂糖凝胶电泳 87
附加方案：碱性琼脂糖凝胶的放射自显影 90
方案7 成像：放射自显影和感光成像 91
方案8 用玻璃珠从琼脂糖凝胶中回收DNA 96
方案9 低熔点琼脂糖凝胶中DNA的回收：有机溶剂抽提法 98
方案10 聚丙烯酰胺凝胶中DNA片段的回收：压碎与浸泡法 101
方案11 Southern印迹 103
方案12 Southern印迹：DNA从一块琼脂糖凝胶同时向两张膜转移 110
方案13 采用放射性标记探针对固定在膜上的核酸DNA进行Southern杂交 112
附加方案：从膜上洗脱探针 117
信息栏 119
第3章 质粒载体克隆与转化 122
导言 123
方案1 制备和转化感受态大肠杆菌的Hanahan方法：高效转化策略 126
方案2 制备和转化感受态大肠杆菌的Inoue方法：“超级感受态”细胞 131
方案3 大肠杆菌的简单转化：纳米颗粒介导的转化 135
替代方案：一步法制备感受态大肠杆菌：在同一溶液中转化和储存细菌细胞 136
方案4 电穿7L法转化大肠杆菌 138
方案5 质粒载体克隆：定向克隆 143
方案6 质粒载体克隆：平末端克隆 145
方案7 质粒DNA的去磷酸化 148
方案8 向平末端DNA添加磷酸化衔接子／接头 150
方案9 克隆PCR产物：向扩增DNA的末端添加限制性酶切位点 151
方案10 克隆PCR产物：平末端克隆 154
方案11 克隆PCR产物：制各T载体 157
方案12 克隆PCR产物：TA克隆 159
方案13 克隆PCR产物：TOPO TA克隆 161
方案14 使用X-Gal和IPTG筛选细菌菌落：a-互补 165
信息栏 167
第4章 Gateway重组克隆 205
导言 206
方案1 扩增Gatewav载体 210
方案2 制备可读框入门克隆和目的克隆 213
方案3 应用多位点LR克隆反应制备目的克隆 219
信息栏 222
第5章 细菌人工染色体及其他高容量载体的应用 223
导言 224
方案1 BAC DNA的小量分离和PCR检验 235
方案2 BAC DNA的大量制备和线性化 238
方案3 通过脉冲电场凝胶电泳检验BAC DNA的质量和数量 241
方案4 两步BAC工程：穿梭载体DNA的制备 242
方案5 A同源臂(A-Box)和B同源臂(B-Box)的制备 244
方案6 克隆A和B同源臂到穿梭载体 247
方案7 重组穿梭载体的制备和检验 249
方案8 通过电穿7L法转化重组穿梭载体到感受态BAC宿主细胞 251
方案9 共合体的检验和重组BAC克隆的筛选 253
方案10 一步BAC修饰：质粒制备 256
方案11 A同源臂(A-Box)的制备 259
方案12 克隆A同源臂到报道穿梭载体 260
方案13 用RecA载体转化BAC宿主 263
方案14 转移报道载体到BACiRecA细胞以及共合体的筛选 265
方案15 酿酒酵母(S.cerevisiae)的生长和DNA制备 267
方案16 酵母DNA的小量制备 269
信息栏 270
第6章 真核细胞RNA的提取、纯化和分析 275
导言 276
方案1 从哺乳动物的细胞和组织中提取总RNA 279
替代方案 从小量样本提取RNA 281
方案2 从斑马鱼胚胎和成体中提取总RNA 282
方案3 从黑腹果蝇提取总RNA 283
方案4 从秀丽隐杆线虫中提取总RNA 285
方案5 从酿酒酵母菌中采用热酸酚提取总RNA 287
方案6 RNA定量和储存 289
方案7 RNA的乙醇沉淀 295
方案8 通过无RNase的DNaseI处理去除RNA样品中的DNA污染 297
方案9 oligo(dT)磁珠法提取poly(A)+mRNA 298
方案10 按照大小分离RNA：含甲醛的琼脂糖凝胶电泳 308
方案11 根据分子质量大小分离RNA: RNA的尿素变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 312
方案12 琼脂糖凝胶中变性RNA的辖膜和固定 319
替代方案 下行毛细管转移 323
方案13 聚丙烯酰胺凝胶的电转移和膜固定 325
方案14 Northern杂交 327
方案15 纯化RNA的点杂交和狭缝杂交 330
方案16 用核酸酶Sl对RNA作图 342
方案17 核糖核酸酶保护分析：用核糖核酸酶和放射性标记的RNA探针对RNA作图 349
方案18 引物延伸法分析RNA 355
信息栏 359
第7章 聚合酶链反应 363
导言 364
方案1 基础PCR 375
方案2 热启动PCR 380
方案3 降落PCR 383
方案4 高GC含量模板的PCR扩增 385
方案5 长片段高保真PCR (IA PCR) 390
方案6 反向PCR 393
方案7 巢式PCR 397
方案8 mRNA反转录产物cDNA的扩增：两步法RT-PCR 400
方案9 由mRNA的5'端进行序列的快速扩增：5'-RACE 409
方案10 由mRNA的3'端进行序列的快速扩增：3 '-RACE 416
方案11 使用PCR筛选克隆 422
信息栏 424
第8章 生物信息学 431
导言 432
方案1 使用ucsc基因组浏览器将基因组注释可视化 434
方案2 使用BLAST和ClustalW进行序列比对和同源性检索 444
方案3 使用Primer3Plus设计PCR引物 450
方案4 使用微阵列和RNA-seq进行表达序列谱分析 461
方案5 将上亿短读段定位至参考基因组上 472
方案6 识别ChIP-seq数据集中富集的区域（寻峰） 483
方案7 发现顺式调控基序 495
信息栏 503
中册
第9章 实时荧光聚合酶链反应定量检测DNA及RNA 509
导言 510
方案1 实时PCR反应用引物和探针浓度的优化 532
方案2 制作标准*线 537
方案3 实时荧光PCR定量检测DNA 540
方案4 实时荧光PCR定量检测RNA 542
方案5 实时荧光PCR实验数据的分析和归一化 545
信息栏 550
第10章 核酸平台技术 551
导言 552
方案1 即制微阵列 560
方案2 Round AiRoundB DNA扩增 564
方案3 核小体DNA和其他小于500bp的DNA的T7线性扩增(TIAD) 567
方案4 RNA的扩增 572
方案5 RNA的Cvanine-dUTP直接标记 578
方案6 RNA的氨基烯丙基-dUTP间接标记 581
方案7 用Klenow酶对DNA进行Cyanine-dCTP标记 583
方案8 DNA的间接标记 585
方案9 封闭自制微阵列上的多聚赖氨酸 587
方案10 自制微阵列的杂交 589
第11章 DNA测序 595
导言 596
方案1 毛细管测序质粒亚克隆的制备 620
方案2 毛细管测序之PCR产物的制备 625
方案3 循环测序反应 627
方案4 全基因组：手工文库制备 630
方案5 全基因组：自动化的无索引文库制备 636
附加方案 自动化的文库制备 642
方案6 全基因组：自动化的带索引文库制备 644
方案7 用于Illumina测序的3kb末端配对文库的制备 651
方案8 用于Illumina测序的8kb末端配对文库的制备 659
附加方案 AMPure磁珠校准 671
方案9 RNA—Seq:RNA反转录为cDNA及其扩增 673
附加方案 RNACleanⅪ’磁珠纯化/RNA—Seq前） 679
方案10 液相外显子组捕获 680
附加方案 AMPure XP磁珠纯化 688
附加方案 琼脂糖凝胶大小筛选 689
方案11 自动化大小筛选 690
方案12 用SYBR Green-qPCR进行文库定量 693
方案13 用PicoGreen荧光法进行文库DNA定量 696
方案14 文库定量：用Qubit系统对双链或单链DNA进行荧光定量 700
方案15 为454测序制备小片段文库 702
方案16 单链DNA文库的捕获及emPCR 708
方案17 Rochei454测序：执行一个测序运行 714
方案18 结果有效性确认 721
方案19 测序数据的履量评估 723
方案20 数据分析 724
信息栏 725
第12章 哺乳动物细胞中DNA甲基化分析 729
导言 730
方案1 DNA亚硫酸氢盐测序法检测单个核苷酸的甲基化 735
方案2 甲基化特异性聚合酶链反应法检测特定基因的DNA甲基化 742
方案3 基于甲基化胞嘧啶免疫沉淀技术的DNA甲基化分析 745
方案4 高通量深度测序法绘制哺乳动物细胞DNA甲基化图谱 749
方案5 亚硫酸氢盐转化的DNA文库的Roche454克隆测序 760
方案6 亚硫酸氢盐转化的DNA文库的Illumina测序 765
信息栏 770
第13章 标记的DNA探针、RNA探针和寡核苷酸探针的制备 775
导言 776
