《天朝的崩溃》这本书是系统研究鸦片战争历经十余年所得成果。
作者详尽考订了与战争相关的一系列重要史实，力图以当时的道德观念、思维方式与行为规范去理解历史，使许多在今人看来是荒谬的现象得以显示其在当时环境中的“合理性”。同时，通过对有关人物及其言行活动分析，观察清王朝在历史转折关头的作为，揭示历史进程中的偶然与必然。鸦片战争在中国近代史上影响重大，有关著述已出版不少。本书的研究可谓推陈出新，作者一系列独到创见可能在学术界引起争议，相信这种争议将有助于深化中国近代史研究。
本书对我国鸦片战争这段历史作了回顾，试图以全新的视角来解析这场颠覆清王朝的浩劫。作为一名求真的治史者，作者历数了清朝的军事力量、骤然而至的战争、广州的“战局”、“抚”议再起等内容，从一个侧面反映了鸦片战争对于清朝统治打击的致命性，是一部不可多得的史学论著。
《刺桐城》以滨海城市泉州为对象，考察了其从公元三世纪北方汉人南下入闽的初期阶段，到1949年之间一部漫长的区域史和城市发展史，实为一部内容丰瞻的“泉州传”。作者用历史人类学的方法，综合了地方文史研究、施坚雅的经济空间理论及克拉克的区域网络史分析，对泉州城的兴起、成熟、兴盛和衰落，做了线索性的宏观铺陈，并重点分析了泉州在宋元时代文化多元主义影响下的迅速发展和商贸繁盛，以及明清以来在本土主义意识形态及西方帝国主义势力的双重压力下出现的权力、经济与文化的转型。
作者意在通过自下而上地叙述一个地方的历史转型，一方面揭示域外与本土交错关系下泉州的“古今之变”，说明其演变过程是在家庭、地方社会、国家与更大空间范围中的世界之间互动的历史产物；另一方面借助历史学和人类学的辩证，对主流的进化史观、民族国家叙事和世界史叙事提出不同的看法，从而为反思支配历史叙述的观念形态开辟了一条新的路径。
在《西周史》中，许倬云着重的是，西周从一个蕞小的部落，如何发展成为一个国家，而且建构了跨越国家的封建秩序。我尽力描述西周在成立国家以后，内部的改变，尤其提出国家统治机制的发展，以至于职务专业化、逐步形成官僚体制的过程。我也提出，西周中叶以后，经济力量逐渐发展，呈现政治力量以外的社会力……在文化发展方面，《西周史》的描述，着重在西周文化圈的扩张，甚至跨越了政治力量的版图。
