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太空飞船离地球越来越远，无线电往返传递的时间也变长，当“旅行者号”在海王星的距离处时，这个时间接近11个小时。
因此，一旦出现紧急情况，飞船需要知道怎样让自己进入一个等待地球指令的安全待命状态。随着航天器的老化，它的机械部件和计算机系统的失灵会越来越多；然而直到现在还没有出现过严重的记忆能力衰退和某些自动装置的阿尔茨海默氏病。
这并不是说“旅行者号”航天器是 无缺的。
严重威胁探测任务的令人神经 紧张的事故确实出现过。每一次都委派一批工程师——有的人从一开头就参加“旅行者号”计划——组成一个特别小组来“处理”问题。他们研究有关的科技资料，并运用他们对失灵部件原有的经验，他们用从未发射过的、完全一样的“旅行者号”航天器设备来做实验，或甚至制作许多个失灵的部件，来对它们的失灵方式进行某种统计研究。
1978年4月，在发射将近8个月之后，飞船正在接近小行星带，这时遗漏了一个地面指令——这是一个人为的差错——使“旅行者2号”上的计算机未与主要的无线电接收机连接，而误连到它的备用机上了。在接下来地面向航天器发送指令时，备用接收机未能锁住来自地球的信号，这是因为一个叫做跟踪环形电容器的部件失灵了。在“旅行者2号” 失掉联系7天之后，它的故障警戒软件突然命令备用接收机断开，并让主接收机接通。然而主接收机在片刻之后神秘地失灵了，再也听不到它的声音了（直到 ，谁也不知道究竟为什么）。为了完成任务，航天器上的电脑此刻愚蠢地坚持要使用已经失灵的主接收机。就这样，由于人为的和计算机的一连串不幸的差错，飞船现在处于真正的危险之中。谁也想不出一个办法让“旅行者2号”恢复使用备用接收机。但即使这办到了，由于电容器失效，备用接收机也不能收到来自地球的指令。许多设计人员曾经担心，这样一来一切都完蛋了。
但是在一个星期对地球指令冷漠地毫无反应之后，飞船终于接受了两个接收机之间自动转换的指令，并编入了这台反复无常的船载计算机的程序中。也就在那一个星期，喷气推进实验室工程师们设计出一个创新的指令频率控制程序，来保证让受过损伤的备用接收机也能理解主要的命令。
工程师们现在至少初步地能够和飞船恢复联系了。不幸的是备用接收机现在变得很不稳定，它对航天器各个部件通电和断电时散发的热量极为灵敏。在随后的几个月中，喷气推进实验室的工程师们通过自己设计与进行的一些试验，彻底弄清楚了大多数航天器操作模式受热的影响：哪些因素会阻碍，而哪些会容许接收来自地球的指令？ 有了这样的知识，备用接收机的难题就 解决了。此后它收到了地球上发出的关于如何收集木星、土星、天王星与海王星系统资料的全部指令。就这样，工程师们拯救了飞行任务（为了保障安全，在“旅行者2号”后来的大部分飞行中，在与下一个行星会合之前，总是先把一套按计划进行的收集资料的程序存储在船载的计算机中，这样一来，即使航天器再次听不见来自家园的请求，也不碍事）。
另一个令人痛心的失败，是在1981年8月“旅行者2号”刚从土星背面出现（就地球上看来）后，扫描平台发疯似的摇摆不定——在靠近土星的十分短暂时间内指向各处，有时指向环，有时指向卫星或行星本身。突然，平台卡住了。
扫描平台卡住不动是一个使人急得发疯的困难处境：要知道航天器正在飞越从来没有看见过的奇景，今后好几年或几十年我们将再也不能看见它们了，而漠不关心的飞船固定不动地向外望着太空，什么也没有看到。
扫描平台由带齿轮组的促动器驱动。因此喷气推进实验室工程师们起先在一次模拟试验中使用一个同样的飞行促动器，它在转动348次后失灵了，而航天器上的促动器转动了352次后失灵。问题原来出在润滑失灵。知道这一点是好的，可是怎样对付它呢？很清楚，无法给“旅行者号”追加一个加油器。
工程师们考虑，他们用交替地加热和冷却的办法能否使失灵的促动器再次起动呢？也许由此产生的热应力会引起促动器的部件以不同的速率膨胀和收缩，并使它松动。他们在实验室里用特制的促动器来试验这个设想，于是兴高采烈地发现，用这个办法他们可以让扫描平台在空间重新起动。设计人员还想出办法及早地诊断促动器失灵的任何别的迹象，因而有足够时间环绕这个问题开展工作。此后，“旅行者2号”的扫描平台运作得 无缺。由于这项工作，才有了在 星与海王星系统中拍到的全部图片。工程师们又赢得了一次胜利。
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