在航程中，斯隆巨细靡遗地写下航海日志，记录着他对船上日常生活、自然现象以及沿途中遇上的鸟类、鱼类与无脊椎动物等的观察。即使是在牙买加停留的十五个月中，他仍然维持着写日记的习惯，笔记主题包罗万象，从天气、地震、地形地貌，到以非洲奴隶为主的地方居民的行为等都包括在内。此外，斯隆的足迹亦遍及全岛，大量搜集并记载各种文物与动植物，他尤其着重在植物方面，尽可能地压制烘干植物标本，以便带回英国。在处理植物时，斯隆参考的是约翰·雷的《植物志》卷。约翰·雷试着在《植物志》一书中记下当时所有已知的植物种类，并且先将它们分为几个主要的大类别，每个大类别下再分为几个他称为属的小类别，每个属都有特征概要作为辨识与命名的辅助。相较于从前的植物志，约翰-雷的做法已经向前迈出一大步，尽管如此，它还是有使用不便与查询困难的问题，等到瑞典科学家卡尔·林奈提出一个较为简便、容易使用的命名系统时，已经是半世纪以后的事情了。
斯隆采集的许多标本，特别是果实，并无法受到适当的保存，因此他雇用了一位名为加勒特．穆尔牧师的当地艺术家，随着他旅行各地，沿途为遇到的新鲜果实、鱼、鸟、昆虫等进行素描。这些素描以及包括约莫七百种植物在内的大部分标本，后都随着斯隆回到英国。穆尔尚未绘制的标本，在英国由另一位才华横溢的艺术家埃弗哈德斯-基修斯接手完成，可可就属于基修斯绘制的标本之一。斯隆在牙买加时发现，当地人由于可可具有疗效而广泛使用，不过“其味令人作呕且难消化”，他认为“这应该是来自(可可豆)含油量极高之故”。他更发现，在巧克力饮品中加入牛奶可以让它变得更可口，而在斯隆的一生中，这个专利配方也替他带来了相当可观的收入。到了19世纪，斯隆过世许久以后，这个配方由吉百利公司取得，时至今日，吉百利在世界上许多地方早已成为牛奶巧克力的代名词。斯隆在牙买加的主要任务是照顾公爵与其随扈的健康，不过他显然也治疗了许多其他患者．其中包括原为海盗，后来改过并得到授爵、成为地方官的前牙买加总督亨利·摩尔根。尽管斯隆随侍在侧，阿尔比马尔公爵仍在1688年10月英年早逝，之后公爵夫人决定返英，斯隆被迫缩短在牙买加的停驻期，并且履行他身为随扈医官的后一项任务，替已逝的公爵进行尸体防腐处理，以云回英国埋葬。
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