一 自然哲学及其思维秩序
今天，当我们谈到科学的时候，首先会想到的是近代以来的科学对世界的解读，借助科学为我们提供的世界图景，我们得以解读世界乃至认识自我与社会。而科学对世界的解读缘起于中世纪的自然哲学传统，并可以追溯至亚里士多德哲学对其研究领域的设置。
在亚里士多德所勾勒的人类知识架构中，科学被分为关注知识的理论科学、探讨行为的实践科学以及研究实用对象制造的创制科学，其中，理论科学又可分为形而上学或神学、数学和物理学。从研究主题上来看，接近现代自然科学的是理论科学中的物理学，其研究对象是那些能够独立存在的、可变的、拥有运动和静止内在来源的事物，既包括有生命者，亦包括无生命者。实际上，物理学(physics)对应的希腊语词(physis)即本性或自然(nature)的意思，其确切的内涵应为自然学。但在中世纪，尽管人们普遍认为自然哲学的固有主题是一切可运动的事物，但物理学的旨趣并不是独立的，或者说，独立的物理学研究在当时是不被接受的。究其原因，乃在于在经院哲学看来，狭义的自然哲学或物理学在理论科学中的地位低于数学与形而上学或神学，仅凭物理学不足以给世界以完整的解读。因此，自然哲学只能在亚里士多德的理论科学的知识架构下展开，也就是说，唯有涵盖理论科学的三个层面的广义的自然哲学才是可以接受的。亚里士多德的理论科学不仅仅是一种知识架构，更为重要的是，它是对思维秩序的规定。在亚里士多德的知识架构中，数学所研究的数和几何图形是从物体中抽象出来的，它们不能独立于事物而存在，但同时又是不变的事物；形而上学探讨的神和精神实体则是能独立于物质或物体而存在的、不变的事物。从亚里士多德到整个中世纪，关于后者的知识是具有恒久不变性的崇高的知识，或者说只有神才能完全洞察和掌握的完美知识。正是这一等级式的知识架构确定了中世纪自然哲学的思维秩序。也正是因为受到这种思维秩序的规制，物理学始终与神学或形而上学纠缠在一起，并因此被框定于诉诸质料因、形式因、动力因与目的因的无休止的循环说明之中。而数学却获得了物理学所没有的独立性：一方面，数学致力于将物体的几何特征以及可度量与可量化的属性抽象出来加以研究；另一方面，数学运用与对自然现象的研究而发展出光学、天文学和静力学等“中间科学”。当然，数学的这种独立性也使人们对“数学是否属于自然哲学”、“中间科学距离自然哲学还是数学更近”等问题产生了疑惑。
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