农业的出现
考古证据表明，严格而言，自绳文时代中期（前3000—前2400）以后，新石器时代的早期农耕就已发轫。绳文人种植薯蓣与青芋，这些作物源自中国南部地区；他们还掌握了百合、马栗以及其他作物的种植技术，这些作物与他们的生存息息相关。把青芋或百合放在枝条编成的盘子上蒸，便可以制成简单的食物，考古学家们已经在长野县发掘出了相关的残留物。在绳文时代晚期（前1000一前250）的陶器上，考古学家们发现了稻米颗粒的痕迹。由此可见，绳文人已经开始种植一些简单的农作物，但是，除了局部的森林开伐外，他们并没有为了适应农业生产而去设计、改造环境。设计、改造环境以适应农业生产，这是弥生时代才出现的文化标志。1884年，考古学家在东京大学校园内发掘出了处弥生遗址；后来，1943年，在静冈县的发现让弥生时代的独特性愈发清晰起来。
起初，弥生时代的农业或许仅限于九州岛南部的荞麦与大麦种植。这两种谷物被认为都是源于大陆、由弥生时代的移民带来的，根据头骨遗物可以判断，这些移民似乎代表着一股新的进入列岛的迁移浪潮，他们或是与新石器时代的绳文人比邻而居，或是慢慢将其取代。弥生人似乎源自北亚，而与此不同的是，绝大多数的绳文人被认为源自东南亚。弥生时代的遗民身材更高、脸型更长，但随着时间的推移，他们失去了一部分身体特征，这或许是长期营养不良的结果。但是，在来到列岛之初，弥生人便以更快的速率繁衍起来。实际上，弥生人的生育率是如此之高，有人估算，在到达列岛三百年后，他们已经占据了总人口的80％。他们显然更加健康，也比之前的觅食者更有繁殖力。
这些新的定居者们还为列岛带来了与水稻种植相关的技术知识。在与弥生时代同期的中国两汉王朝（前206—220）的史料记载中，列岛被称为“倭国”。随着弥生新移民的到来，水稻种植技术在倭国传播开来，几乎覆盖了日本的西部和中部地区。弥生早期的水稻工程相对复杂：精致的水渠灌溉系统、堰、稻墙以及用以保证合理灌溉的引水和排涝闸。基于水稻农业，考古学家们推测，到1世纪，弥生时代的人口或许已达到60万至100万。让我们感兴趣的是，一些历史学家认为，在公元前221年至公元907年期间，随着儒家思想、佛教以及中国的汉字在大陆和周边地区的传播，东亚文化圈逐步形成。我们或许也可以把稻作农业作为东亚文化的特征之一。虽然儒学在此期间尚未能重构日本人的家庭观念、社会意识乃至统治理念，但随着稻作农业的出现，日本已然进入到了东亚文化圈之中。
随着汉朝对古朝鲜国（前233～前108）的征服，以朝鲜半岛作为媒介，其文化影响力传播到了弥生时代的列岛。公元前108年，汉武帝在朝鲜半岛设立了汉四郡，以统治这一地区及其人口，列岛从这条新开放的、沟通中国的通道中受益良多。中国的铜镜、朝鲜的手工艺品、铁制或铜制武器的残片都反映出列岛与大陆地区之间活跃的贸易往来。日本的水稻种植业的源头可以追溯到长江三角洲。对于弥生时代的耕作者们来说，水稻之所以有吸引力，或许是因为水稻可按需储藏、烘烤并食用。正是弥生时代的耕作者设计了高床式仓库，这使得储藏的稻米免于霉菌、蛾子和老鼠的破坏。在九州西北部的弥生时代早期的遗址（例如福冈县的板付遗址）中，水稻还只是诸多农作物中的一种；而到了弥生时代的中期与后期，水稻已然是为重要的农作物之一了。在板付遗址中，木桩被用作稻田的分界标，而这一遗址中还遍布着用于掩埋和储藏的柱穴。狗和小马在聚落周围徘徊，而鹿和野猪的骨头表明肉类已经出现在了弥生人的食谱中。沟渠环绕在板付遗址的周围，它们或许被用来灌溉水稻，或许也被用作防御性的环壕。板付遗址还出土了瓮棺墓，罐内大多是儿童。在弥生时代中期，瓮壶横葬；在弥生时代后期，瓮壶竖葬，罐口朝下。显而易见的是，部分瓮壶相当巨大，这表明瓮壶制作的专业化程度极高。考古学家们在瓮棺墓中发掘出了中国和朝鲜半岛的手工制品，由于其数量可观，有人推测，九州西北部曾是传说中的大和国——日本历史上个王国——的中心区域。我们将在稍后讨论这一问题。
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