《史记》中，三代本纪之后，是《秦本纪》《秦始皇本纪》，与此紧相关联的是《三代世表》《十二诸侯年表》《六国年表》和诸篇世家与列传。史迁的目的是要追究帝国政制究竟是怎么来的，应该说，这也是他“一家之言”的重要内涵。
史迁在写作上述诸篇时，总要提到一个人——孔子。《史记》的撰著参照了《秦史》和《春秋》，在交代史料来源时要提到孔子。更重要的理由是，孔子是君子之言、圣人之言的重要的代表，孔子成了洞察、评判从三代礼乐文明秩序到帝国政制建构的标准和尺度。实际上，史迁是要告诉人们，孔子并不像董仲舒、公孙弘这些当朝儒生那样，高唱什么王道政治，他要把孔子从王道政治的合唱队中抽离出来。在《孔子世家》里，史迁把布衣孔子写得很清楚，这位至圣不仅是儒家之宗，更是百家之宗。也就是说，当朝“罢黜百家，独尊儒术”，很可能是对孔子的扭曲。
《史记》至少有两大主题：一是战争与变法推动经验历史的演进；一是诸子百家的思想脉络。前者是物质的，后者是精神的；前者涉及帝国肉身，后者涉及帝国心灵。因此，在《史记》中有两个大立法者，作为这两大主题的象征与代表：一个是诸子百家之宗的孔子；一个是帝国政制的立法者秦始皇。
在写作技术上，《秦本纪》与《秦始皇本纪》完全可以压缩成一篇，用几句话交代嬴氏族的源起，重点记叙穆公、孝公与秦始皇，但史迁没有这样安排，可谓匠心独运。《秦始皇本纪》记述了一件大事，就是所谓的“焚书坑儒”，史迁只是详尽记叙了事件的起因和经过，不加评说。
秦始皇统一六国后，面临着一个抉择：究竟是推行郡县制还是恢复分封制？在这个关键时刻，心灵的立法者与肉身的立法者相遇了，在象征意义上，孔子与始皇的纠结不可避免地发生了。心灵史特别强调记忆，必定回首过去；现实政制则需要遗忘，强调向前看，否则怎么变法改制？这是一场记忆与遗忘的冲突。就现下来看，遗忘一定要战胜记忆；就未来而言，记忆又常常超越遗忘。也就是说，孔子很可能是永恒的，秦始皇则可能昙花一现。
史迁不尚空言，他记叙历史，与当朝儒生显然异样。
秦始皇刻石立碑，说为了天下和平，一定要铲除战争的祸根；而人们凭借史书牢固记忆的那个东西，正是数百年战乱的根源。因此，遗忘一定要战胜记忆，哪怕消灭肉身。秦始皇当时有些无奈，先是收书，企图把记忆封存在国家图书馆里，可上缴图书的法定期限已过，仍有人私藏图书，他只好痛下杀手了。灭掉记忆这件事不容易做成，秦始皇很紧张——那时六国的残余势力都在暗中涌动，他能不紧张吗？杀人肯定是不对的，是残暴的。史迁憎恨残暴，不可能为秦始皇辩护，但史家必须实录事实——记忆与遗忘的对抗。现实政制一般都不允许回忆，它所允许的记忆是选择性的，史迁要告诉人们的正是这个事实。
公子扶苏和儒生素有交谊。他有与父皇不一样的看法：父亲让人不要记忆，而要遗忘；儿子却说，人们的记忆扎得太深了，一下子抠掉恐怕不好办，要慢慢来。这让父皇很生气，勃然大怒。秦始皇非常残暴，又是战争中过来的，没少杀人，再说儿子也多，可秦始皇没杀扶苏，只是将其贬出咸阳，派到北边蒙恬军里做监军。蒙恬此时正率领三十万大军重修长城。这哪里是处罚呀！扶苏的人缘可好了，与蒙恬的关系向来不错。看来，秦始皇太聪明了，他或许没想对儒生那么狠，只希望他们暂时装一下糊涂，稍微给自己一点时间，别逼得太紧了。史迁告诉我们，凡事不要一来就站在道德的制高点上唱高调，要先弄清历史原委。这当然不是说秦始皇杀人就对，杀人永远都不对，就连在战争中杀人也不可谓对，可这个世界毕竟不是天堂。
一个肉身的立法者，一个心灵的立法者，很可能要打架的：肉身与心灵冲撞，欲望与理性对抗。要经过很长的时间，才可能达到灵肉合一、内外和谐的生命状态。到了史迁的当代，情形又如何呢？他为什么要立“一家之言”呢？他看得很清楚，肉身与心灵的对抗到了他的当朝，结果是更为糟糕的焚书坑儒，只不过换了一批“儒”士而已。通过“罢黜百家，独尊儒术”，来达到灵肉一体、遗忘与记忆的平衡，不正是被儒生们骂得狗血喷头的秦始皇的招数吗？这又有什么高明之处呢？不也是要灭掉记忆或者有选择地强迫记忆吗？这两大主题，史迁写得很充实，其当朝所谓的平衡，仍然是偏执的平衡。