在遥远的过去的某个阶段，一群足智多谋的微生物在其他生物体内或身上找到了一个生态位，并进化为寄生宿主物种。从那时起，为生存而开展的斗争塑造了双方的进化。有时，会形成一种舒适的共生关系，例如，在宿主肠道内形成自我维持生态系统的微生物群落。对于像牛这样的反刍动物，这种伙伴关系的优势是显而易见的；当微生物消化植物细胞壁中的纤维素时，它们浸入营养液中以免受外界的影响，而牛本身无法做到这些。然而，在人类中，肠道微生物的功能尚不清楚。我们每个人多可容纳1014 个微生物，总重量约1千克，与我们自己的身体细胞的数量之比为10:1。到目前为止，已经发现了400多种可以保护我们免受毒性更强的微生物攻击的不同物种，它们帮助我们消化并激活我们的免疫力。
只要我们身体健康，它们就是无害的，但如果它们成功侵入我们的组织，或许是通过手术创口，它们可能就会引起严重的感染。
在现存的大约100万种微生物中，已知仅有1 415种微生物能引发人类疾病。尽管这些病原微生物对我们意义重大，但它们并不主要与使我们生病有关。有时它们产生的毁灭性症状，其实只是它们的生命周期在我们体内发生的副作用。但是，它们当然会利用感染过程的每一个步骤来确立自己的优势，自然选择确保了那些能诱发疾病模式的微生物存活下来，这些模式适合帮助它们繁殖和传播，而存活下来的代价是牺牲它们更迟钝的同胞。因此，随着时间的推移，能诱发疾病的模式已经被进化磨砺得锐利无比，以确保致病微生物的生存。一种直接杀死受害者的剧毒的生存方式对微生物没有好处，因为这样它们将失去家园，很可能与宿主一同死亡。但是，毒性较弱的微生物有可能被宿主的免疫系统迅速征服，这也限制了它们的传播。在微生物与其人类宿主共存的许多个世纪中，进化已经微调了这两种情况之间的平衡，以优化两个物种的生存，但微生物的快速适应性意味着它们在持续的斗争中通常领先一步。