目前，双槐树遗址发现了四处规划严整的墓葬区，共计有 1700 多座墓葬。其中墓葬一区位于遗址外环壕的西北部，墓葬二区位于内环壕南部，墓葬三区位于外环壕与中环壕之间。它们整体呈排状分布，由北至南分为九排，每排之间相距 15—18 米。墓葬普遍为东西向，墓主人仰身直肢，头向西，这显然是经过了缜密而严格的规划的。
另外，双槐树遗址中还发现有多处瓮棺葬，这种墓葬的形式不同于严整规划的氏族墓葬，它主要用来安葬早夭的孩童。这些瓮棺葬大都位于房屋居址附近，多数位于房基墙外的西侧。瓮棺葬是用平时生活中所用的陶器来盛放早夭的孩童，一般为小口尖底瓶瓮棺或两个陶罐口部相对的瓮棺，人们还会在陶器的底部凿出一个小孔。当时的丧葬服饰也有区分，平民的孩童会用麻布，贵族的孩童会用丝绸。瓮棺葬的埋葬形式反映了仰韶文化时期的人们普遍有灵魂崇拜的信仰。瓮棺底部的小孔或许就是逝者灵魂出入的通道，圆鼓鼓的瓮罐和怀孕的妇女的腹部非常相像，将孩童的尸体置于其中就像生活在母亲的体内一样，丝绸包裹预示着“破茧重生”。有学者认为，仰韶文化时期婴幼儿瓮棺葬出现在居住区，说明建房屋时用儿童来祭祀的风俗已经开始盛行，但更深层次的原因，可能是由于儿童年幼，未行“成人礼”，尚不具备氏族成员的资格，因而不能与成人一样葬进氏族墓地；另外位于房屋居址附近的瓮棺葬也反映了父母爱子之切，孩子虽已逝去，但父母希望他们能像生前一样受到悉心的照料。
经专家论证，双槐树遗址的这批墓葬是目前已知的黄河流域仰韶文化中晚期规模、布局结构为完整的墓葬。考古人员还在窖藏坑中发现了玉器的碎片，这或许与祭祀有关。另外很多窖藏坑中还发现有相当于我们今天的锅、碗、瓢、盆的器皿，甚至还有骨针、来自长江流域的贝壳，双槐树人的生活情景一下子在那个曾经的现实世界里生动复现。但在它的墓葬中，像其他仰韶文化序列的墓葬一样，并未出现丰富且贵重的随葬品，这还是让人产生了些许遗憾。大墓中的主人似乎对生前所享有的东西毫无眷恋，并没有让它们伴随他去往另一个世界。
大墓的遗憾当然也在领队顾万发心里打转，但是他心里清楚，目前墓葬规模、范围，部分重要墓葬遗迹、遗物的确定仅仅是考古研究工作的步，还有太多紧迫的工作需要往前推进。这些墓葬里到底是些什么人？该如何定位他们在历史长河之中的位置？他们又与周边其他同期遗址中的人有着怎样的关系？这些问题的解答并不亚于对丰富的随葬品进行解读的难度。顾万发运用了探源工程的工作方法，组织人员，协调机构，用更加开阔的多学科分析思路，尤其是让体质人类学介入，力争快速解决这些亟待回答的问题，更希望能够建立一个仰韶文化中晚期体质人类学的大数据库。
体质人类学实际是人类学的分支，是研究人类群体体质特征及其形成和发展规律的一门科学。它通过研究考古发掘出的人类遗骸，来揭示人类自身的起源、分布、演化与发展，人种的形成及类型特点，种族、民族的分类，以及当时人类的生活、生产、生态、生命等一系列问题。顾万发知道郑州有这样一群人，他们在业内小有名气，据说能让历经千百年的人骨残骸“开口说话”，讲述那些尘封已久的故事。他找到了郑州大学体质人类学实验室的周亚威副教授，并了解了郑州大学体质人类学实验室和古人骨标本库的建设情况。周亚威副教授团队的人骨清理方法严格参照北美体质人类学中的相关标准执行，这些年，他们运用学科交叉的方法，借助体质人类学实验室丰富的人骨标本，攻破了一个又一个关于古代人类发展规律和健康状况的科研难题。
顾万发明白这项研究的结论对双槐树遗址来说至关重要。在双槐树遗址下一步的考古研究过程中，通过分析人骨样本能解决不少问题，比如当时的环境，人的生活状态、日常食谱、疾病情况、死亡原因，以及人地关系等。因此，他希望这次以郑州大学体质人类学实验室为核心，结合中国科学院、复旦大学生命科学院等国内一些的科研力量，尽快得出双槐树遗址墓葬研究的成果。
郑州大学体质人类学实验室的科研人员首先对双槐树遗址出土的共计 280 例人骨进行了系统的室内整理及人口学统计工作。经鉴定，性别明确者共计 220 例，性别不明者 60 例，鉴定率为 78.57%；其中男性标本 117 例，女性标本 103 例，性别比约为 1.14 ∶ 1。年龄明确者 212 例，鉴定率为 75.71%。根据性别、年龄鉴定结果计算得出，双槐树人未成年期和青年期个体死亡率较低。研究人员还将双槐树遗址墓葬中的人骨进行了人像复原，发现这些双槐树人与今天的中原人面相特点有一定差距，倒是与华南地区的客家人比较相似。这正从一个侧面让我们更加清晰地认识了客家人源于河洛的史实，当然这是另一个值得研究的宏大话题。
科研人员还在遗骸里发现了一例特殊的枕骨穿孔个体，穿孔位置位于枕骨正中央，穿孔边缘没有骨质破损或愈合迹象。经过多位专家的鉴定，认为这里的穿孔应为死后人为有意识的穿孔行为。经过实验室多轮模拟实验，他们发现当时的人很可能是使用一种 Y 形的石器对颅骨进行钻孔。双槐树遗址发现的颅骨穿孔资料不仅为中国研究颅骨穿孔提供了早期证据，而且对于进一步阐释这种古*俗在中国的起源和分布有重要意义。
通过对肢骨的综合研究发现，这里的女性身材较为矮小，与男性差异显著，但她们的上下肢骨颇显粗壮，普遍强于男性，这说明女性在未成年阶段所汲取的营养不如男性，而成年后却要承担繁重的体力劳动。这一发现反映出当时女性的社会地位可能较为低下，需要承担繁重的体力劳动。
来自中国科学院地质与地球物理研究所的唐自华团队也被邀请加入了双槐树遗址的项目，他们主要利用同位素分析法来分析这里的人群结构。在人的一生中，骨骼中的各种同位素（典型的如 C、O、N、S 等）含量处在不断变化的动态平衡中。这一平衡在人死的那一刻结束并固定下来，永远保存在骨骼中。这意味着我们去了解双槐树人骨骼中的各项元素值，能获得一些有意思的发现。
经过初步的测试研究，科研人员发现双槐树遗址中男性成员的基因相对稳定一致，单一现象较多，这说明这里的男性传承有序，已经形成稳定的阶层。从双槐树遗址中的男性和郑州其他同时期遗址中的男性的初步对比分析来看，双槐树遗址之外的男性骨骼相对粗壮，这可能证实了双槐树居住者的身份，有利于说明双槐树遗址具有中心都邑的性质。与此相反，双槐树遗址中的女性成员的基因来源非常广泛复杂，我们不难产生一些大胆的联想，双槐树遗址的贵族可能会在各个聚落里选择自己的女眷，女人也会以嫁到双槐树这里为荣，或许当时女性在社会中地位比较低下，她们可能是带着家族使命远嫁而来的和亲者，也可能是战争掠夺或邻国进献的美女。
复旦大学生命科学院的文少卿团队从古 DNA 的角度对 177 具出土的人骨进行了分析，这是一种利用现代分子生物学手段直接提取并分析保存在古代人类遗骸中古 DNA 分子以解决考古学问题的方法。古DNA 研究能够在墓葬个体间亲缘关系研究、墓葬群体关系（族属）研究、人类遗骸的性别鉴定、古病理与饮食研究、动植物的家养和驯化过程研究、农业的起源和早期发展研究等方面发挥独特的价值。
经过几个月的初步研究，文少卿团队得出的结论是，这 177 个样本中男、女性别比大致为 1∶1，其中母系多样性较高，而父系则是中国汉族人群三大父系中的老祖父之一。他们在实验中挑选了 5 个样本，并分析了这 5 个样本的全基因组，发现双槐树人与现代北方汉族人群遗传结构接近，混有少量南方人群成分。下一阶段，他们还要完成 177个样本的全基因组测序，这套测序的结论会帮助他们厘清墓葬内部的亲缘关系、双槐树人群的遗传结构，同时他们还拟将双槐树遗址的人群数据与庙底沟文化时期杨官寨遗址的人群数据进行比较。