历史学家的分歧
16世纪的爱尔兰经历了两大显著变化：新教改革的引入以及世纪末英格兰势力在全岛的扩张。这两大变化都引起了历史学家的疑问。
个问题是，为什么新教改革在爱尔兰没有成功？布伦丹·布拉德肖（Brendan Bradshaw）认为，爱尔兰的宗教改革在1558年彻底失败了。但是，尼古拉斯·坎尼（Nicholas Canny）认为，爱尔兰宗教改革的失败在时间上来得更晚，而且他认为，在某些方面，布拉德肖忽略了一个关键问题。布拉德肖认为：“爱尔兰的大多数本土居民仍然生活在敌对教会（新教）之外，而且执着地坚持着前特兰托（pre-Tridentine）时期的天主教习俗。”坎尼则指出，布拉德肖的上述说法过分专注于宗教改革的制度基础，忽略了“一个对官方发起宗教改革的方式持批评态度的‘土生土长的新教团体’，以及‘天主教生存主义’（Catholic survivalism）”。就其本质而言，这是一场基于推理和演绎的辩论。正如卡尔·博蒂海默（Karl Bottigheimer）所观察到的：“我们无法认定事件发生的准确日期，但这并不意味着它没有发生。”需要注意的是，爱尔兰本土不同宗教实践之间的界限可能非常模糊，因此宗教制度不能如实反映宗教文化的客观情况。那么，我们该如何看待爱尔兰宗教改革的终失败？它究竟是爱尔兰人民抵抗外国势力强加的外来宗教的伟大胜利，还是对放弃原有信仰的顽固拒绝？爱尔兰依旧是都铎王朝领土中一个天主教人口占多数的地区。一方面，虽然威尔士与英格兰在语言和文化上也存在差异，但宗教改革在威尔士取得了成功。在苏格兰的盖尔人群体中也产生了一种不同形式的新教信仰，那里的文化与盖尔爱尔兰非常相似。另一方面，欧洲大陆也有许多成功地抵制和拒绝任何宗教改革企图的案例。因此，爱尔兰在抵制英格兰宗教改革方面不一定与众不同。当局曾多次企图改变爱尔兰人的宗教信仰；同样，爱尔兰的老英格兰移民和盖尔人同欧洲大陆的联系也为爱尔兰的反宗教改革运动打开了大门，与此同时，爱尔兰的天主教会针对它的新对手展开了一场保卫战。但是，爱尔兰宗教改革的失败是否源于一个更加世俗的现实原因呢？詹姆斯·默里（James Murray）在近的一项关于都柏林教区的重大研究中得出结论：“这一失败的主要原因在于爱尔兰社区对天主教生存主义的依恋情感。”这种依恋在玛丽女王时期和伊丽莎白统治的前10年得到了有效的捍卫。也就是说，英格兰人在爱尔兰根本没有可以借助的条件，把新的圣公会国家教会完全强加给仍然对天主教怀有强烈感情的多元人口。随着时间的推移，这种依恋会与他们各自的身份意识交织在一起。
英格兰这一时期在爱尔兰的势力扩张引起了史学界的另一个疑问：是否存在真实意义上的“都铎征服”？爱尔兰无疑在政治和军事上被征服了，但这难道是一个毫无曲折的、贯穿整个世纪的连续进程吗？要回答这个问题，我们首先需要了解都铎王朝在爱尔兰的扩张动机。史蒂文·埃利斯（Steven Ellis）认为，英格兰自15世纪起将控制范围扩张到整个不列颠和爱尔兰岛，但这仅仅是英爱边界和英格兰北部边界地区的紧张局势进一步发展演化的结果：这是一个国家的形成过程，而非有意识的帝国主义扩张行为，也并非爱尔兰独有的历史经历。但意识形态是否塑造了英格兰在爱尔兰的政策呢？如果答案是肯定的，那么这是否就像曾为爱尔兰的“宪政改革”辩护的布伦丹·布拉德肖指出的那样，是推行新教的需要呢？在这一论点中，从15世纪末开始，都铎王朝越来越倾向于改革爱尔兰政府，更严密地控制它。英格兰的宗教改革及其与罗马教廷的决裂加快了这一进程，并在1541年《王位法案》的颁布之际达到极致。
尼古拉斯·坎尼提出了一种截然不同的观点，在他看来，影响英格兰对爱尔兰政策的意识形态驱动力量是他们的帝国主义观念，其基本观点是认为爱尔兰土著乃低等民族，需要被征服和开化。如果上述两种假设都是正确的，那么文艺复兴时期的思想激荡中产生的“文明”概念是否也对英格兰的爱尔兰政策产生了影响？换句话说，都铎王朝时期的英格兰是否将他们在爱尔兰的扩张当成是传播文明的使命？鉴于相当大一部分爱尔兰人不是盖尔人的客观事实，关于有意识的帝国主义的论点很容易遭到挑战。相反，夏兰·布雷迪（Ciaran Brady）认为，在英格兰的确存在驱使他们征服爱尔兰的意识形态，这种意识形态源自他们所抱有的观念，即认为爱尔兰迫切需要按照英格兰模式进行政治和文化改革。他认为，英格兰政府在爱尔兰的政策是“碎片化”的，甚至可以说是随意制定的，而不是计划周密的征服行动的一部分。在他看来，日渐激化的文化冲突是16世纪爱尔兰问题的核心。
但这种观点是否过于缥缈和抽象？它是否淡化或忽略了16世纪爱尔兰历史上一些更恐怖的事情？近有观点认为，且不论背后存在什么样的意识形态（如果有的话），都铎王朝对爱尔兰的现实统治是残酷和暴力的，而且其暴力行径还在随着时间的推移不断升级。基尔代尔叛乱遭到史无前例的残酷镇压；16世纪40年代，英格兰人在爱尔兰的政策是进一步扩张佩尔地区，遏制盖尔人的力量。宗教改革在欧洲造成的分歧使英格兰征服爱尔兰成为必要，为了实现这一目标，他们开始日益频繁地使用暴力，包括对平民的残酷攻击。因此，都铎时代比人们通常认为的要血腥得多。换句话说，爱尔兰是被英格兰以暴力、血腥的方式征服的。之所以部分观点如此强调宗教和政治历史，很大程度上来自这样一个事实——这一时期的大部分社会和经济历史依旧无法得到重新构建，但至少也有一些有价值的研究揭示了盖尔爱尔兰和殖民地爱尔兰的部分真实情况。