朝廷既已全部覆亡，作为留都的南京很自然地成了明朝半壁江山的政治中心。这里当政和在籍的大臣如雷轰顶，顿时乱成一团。对于他们来说，当务之急是立君。由于崇祯帝的三个儿子都被大顺军俘获，未能逃出北京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、勋贵、太监和拥兵自重的将帅就在拥立哪一位藩王的问题上展开了一场钩心斗角的争执。
在这里，我们应当特别 注意东林—复社中一些骨干人士在继统问题上所起的恶劣作用，他们的一些偏见深入人心，一直沿袭到现在。事实上，当时的有识之士都主张由福王朱由崧继统……然而，江南士绅中的一部分东林党人却从狭隘私利出发，强烈反对由福藩继统，原因是朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕着储君问题展开的“妖书”“梃击”“移宫”等轰动一时的案件都同郑贵妃有关，何况正是由于东林党人的力争，神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵(朱由崧的父亲)为太子的图谋才化为泡影。因此，他们担心一旦朱由崧登上帝位，重翻旧案，自己在政治上将会失势。在籍礼部侍郎钱谦益当时被视为东林党魁，他两次从原籍常熟赶往南京，以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓。支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都 御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等人。一度具有举足轻重地位的首席大臣南京兵部尚书史可法是倾向于东林党的人物，他内心里对拥立福王有所顾忌，但又认为应该按伦序迎立神宗的子孙。
各种南明史籍在迎立问题上记载非常混乱，原因是弘光既立，先前持异议者不免改口，局外人士又难免轻信风闻和自我揣测，弄出种种误解。比较而言，较可靠的记载是直接参与其事的姜曰广所著《过江七事》。按姜氏记载，当时“江南北诸绅”(指钱谦益等热衷于东林门户之见的官绅)“群起拥潞王”。作为实权人物的史可法处于进退两难的境地，他是东林党人左光斗的得意门生，自然对拥戴福藩继统心存疑虑，但又担心舍亲立疏将引起更大的政治风波。经过反复考虑，他暗自决定前往浦口同凤阳总督马士英商量在桂王与福王之中选定一人。史、马密商的结果是“以亲以贤，惟桂乃可”。至于惠王朱常润不在议立之列是因为他迷信佛教，不懂世事。(朱常润次年降清后给清廷的奏疏中说：“臣自髫年皈依释教， 性甘淡薄，只知焚祝，毫无外求。”)第二天，史可法亲自写信给南京高级官员说明定策意见：“迎桂者何？以福、惠之有遗议也，乃舍而立桂也。其潞藩则仿古兵马元帅之制暂借统兵马。”南京的官绅对于这个折中方案比较满意，由南京礼部准备乘舆法物前往广西迎接桂王。就在这一关键时刻，马士英由浦口回到凤阳，突然得到报告守备凤阳太监卢九德勾结总兵高杰、黄得功、刘良佐决定拥立福王朱由崧。这里有几点值得注意：一、卢九德在万历末年曾在宫中 为老福王朱常洵服役，由他出面联络三镇当出自朱由崧的幕后策划。李清记载：“时王闻，惧不得立，书召南窜总兵高杰与黄得功、刘良 佐协谋拥戴。刘泽清素狡，先附立潞议，至是以兵不敌，改计从杰等。”二、高杰、黄得功、刘良佐的积极参与拥立显然是为了攘取 “定策之功”增强自己在政治上的地位。三、史可法之所以要亲赴浦口同马士英会商，正是因为士英身为凤阳总督，直接节制着高、黄、刘等总兵，借以取得军队支持。不料变生意外，马士英眼看手下大将全部自行投向福藩，如果再遵守同史可法达成的协议，自己只会被驾空、被淘汰，权力的欲望使他顾不上什么信义，抓住时机向福王朱由崧表示效忠。史可法还蒙在鼓里，继续写信给马士英申说朱由崧“贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司”七不可立的理由。马士英既已改变初衷，参加拥立福王的行列，史可法的来信等于直接指斥行将即位的皇帝，把权力的剑柄交到了马士英手里。马士英立即以凤阳总督和三镇名义正式致书南京守备太监韩赞周宣布拥立福王朱由崧。当南京各大臣被韩赞周邀请到家中传阅马士英的书信时，虽然不少人感到震惊，但是他们既无兵权，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，失去了凭借，只好违心地表示同意。拥立潞王朱常淓的主要策划人物钱谦益的表现就颇为典型：“钱谦益侍郎触暑步至胶东 (指高弘图)第中，汗渴，解衣，连沃豆汤(指解暑之绿豆汤)三四 瓯。问所立？胶东曰：‘福藩。’色不怿，即告别。胶东留之曰：‘天子毋容抗也。’钱悟，仍坐定，遽令仆市乌帽，谓：‘我虽削籍，尝经赦矣，候驾龙江关。’”东林党魁的态度如此，其他原先追随拥潞的人也可想而知了。山东总兵刘泽清一度支持东林骨干拥立潞王，当他得知高杰、黄得功、刘良佐三镇的动向后，自知兵力不敌，立即随风转舵加入了拥立福王的行列。四月末，福王继统已成定局。
由于拥立定策问题对弘光一朝政局的影响极大，有必要做一点分析。前面说过，当时江南东林党人在朝、在野的势力很大，他们中间的骨干分子以“立贤”为名主张舍弃神宗嫡系子孙而拥立穆宗之孙潞王朱常淓，后来的事实证明朱常淓并不“贤”，他们的真正用意是排除福王以确保崇祯时期东林—复社党人在政治上的操纵权，特别是如果潞王以较远的宗支而被迎立，钱谦益等人有“定策”之功肯定可以飞黄腾达。一度处于权力中心的史可法优柔寡断，设想出拥立桂王的折中方案，以为桂、福二藩都是神宗嫡支，以桂抗福可以满足东林党人反对立福藩的愿望，又带着这个方案亲赴浦口同掌握实际兵权的凤阳总督马士英商量，自以为事出万全。结果风云突变，无论他主张拥立的是不是神宗嫡系，在朱由崧眼中他始终是反对自己黄袍加身的 重要人物。就当时情况来说，帝位候选人桂、惠二亲藩离南京较远， 福、潞二藩近在淮安，史可法既然主张按照伦序迎立，就应该当机立断，把颠沛潦倒之中的福王朱由崧接来南京继统。这样，朱由崧必将对他刮目相看，马士英和四镇也没有可乘之机。当初私下酝酿立君人选时，史可法曾经对姜曰广说：“以齐桓之伯也，听管仲则治，听易 牙、开方则乱。今吾辈之所立者，岂其不惟是听，而又何患焉？”这表明史可法知道落魄之中的福王只要爬上皇帝的宝座，享尽人间富贵就心满意足，在这样一个同“察察为明”的崇祯帝截然相反的庸主下，朝廷大政必然落在自己这帮“君子”手里，事情可以办得很顺当。可是，史可法的这句话一传出去，“拥潞者闻之大哗。以询诸绅，又颇于福推恶。可法于是引避不言矣”。
古语说：“当断不断，反受其乱。”史可法多少有点门户之见固然是原因之一，但他的致命弱点是缺乏雄才大略，总想处处应付，八方妥帖，终落得个事与愿违。