所谓“基源问题研究法”，是以逻辑意义的理论还原为始点，而以史学考证工作为助力，以统摄个别哲学活动于一定设准之下为归宿。这种方法的操作程序大致如下：
第一步，我们着手整理哲学理论的时候，我们首先有一个基本了解，就是一切个人或学派的思想理论，根本上必是对某一问题的答覆或解答。我们如果找到了这个问题，我们即可以掌握这一部分理论的总脉络。反过来说，这个理论的一切内容实际上皆是以这个问题为根源。理论上一步步的工作，不过是对那个问题提供解答的过程。这样，我们就称这个问题为基源问题。
每一家理论学说，皆有其基源问题；就全部哲学史说，则基源问题有其演变历程；这种演变的历程，即决定哲学问题在哲学史中的发展阶段。
基源问题虽是每一学说的根源，但有很多学人每每并不明显地说出来。因此，我们自己常需要做一番工作，以发现此一学说的基源问题是什么。这里就需要逻辑意义的理论还原的工作了。
所谓理论还原的工作，就是从许多论证中逐步反溯其根本意向所在。根本意向发现了，配合一定材料，我们即可以明白基源问题应如何表述。
表述基源问题时，要使这个问题的解答，确能逻辑地涉及所提出的理论。因为，写哲学史时，这些哲学理论都是现成的，所以从这种材料中去找那个基源问题，就是反溯的，也就是所谓“理论的还原”的真实意义所在了。
掌握基源问题，虽以解析工作为主，但也要涉及考证问题。因为这时所据的材料，都是客观的，所以理论还原工作，并不致妨害材料的真实性。材料如有舛误，那不关理论还原的事，而是材料本身的问题。由此考订材料甚至搜集材料的工作，就成为掌握基源问题时所必须做的工作。这种工作实际上类似“发生研究法”，不过，它不会有“发生研究法”的弊害，因为，如此弄好的材料，终竟要通过理论的铸造，而系归于一定的基源问题之下。那是不会成为零星片段的。
基源问题找着了，就有下一步工作。
第二步，掌握了基源问题，我们就可以将所关的理论重新作一个展示，在这个展示过程中，步步都是由基源问题的要求衍生的探索。因此，一个基源问题引出许多次级的问题；每一问题皆有一解答，即形成理论的一部分。最后一层层的理论组成一整体，这就完成了个别理论的展示工作。这种工作分别地做若干次，我们即可将哲学史中各家各派的理论展示出来。这时，我们已经能够满足“真实性”与“系统性”的要求，剩下的就是全面判断的问题。
发现基源问题，与由基源问题展示一理论的全象，这都是不需要任何特殊识见的工作。这只是叙述性质、介绍性质的工作。但要作全面性的判断，则情形就大不相同了。这一点即涉及第三步工作。
第三步，我们将各时代的基源问题，排列起来，原即可以发现整个哲学史上的理论趋势，但这仍不足以提供一种作全面判断的理论根据。要作全面的判断，对哲学思想的进程及趋向作一种估价，则我们必须另有一套设准。
通常做哲学史工作的人，每每讳言自己有自己的观点；其实，除非不下全面的判断，否则，必有一定的观点作根据。这种观点当然可能不为人所接受，但那是不重要的。因为，一切理论本都可以有人反对。问题只在于我们能否自觉地将自己的论据表述出来。我所以将这种观点称为“设准”，目的即在于避免独断气息。但我们又必须明白，我们虽不愿独断，却仍不能不有一组理论的设准，否则我们自己即根本没有提出什么理论来。
或许有人以为，从事哲学史的研究，不需要提出什么理论；其实这是忽略了哲学史工作所要求的统一性。每一哲学史工作者，必须表述他的某种统一性的观点，通过它来解释全部哲学史；不然，则他只算是写了一本“汇编”式的东西，而并非一本哲学史。
设准的提出，表示作者自己的识见与哲学智慧；作者能接触哪些问题，不能接触哪些问题，都可以由此看出来。一个优良的哲学史工作者，必须能接触到已往学派所面对的问题。他倘若真能如此，则他所立的设准，就应该足以统摄已往的理论要求。当然这并非一件容易的事，但它是一切哲学史工作者所应该努力的目标。
基源问题研究法，最后必与一套设准配合。这一套设准虽不与基源问题研究有什么直接关系，但它是以作者的哲学了解为根据的。基源问题的研究，对作者在哲学方面的了解的增进，无疑有一定的助力。因此，我们仍可以说，如果一个哲学史工作者，真能运用基源问题研究法来整理各家学说，则最后他提出设准的时候，也决不致像用解析法的研究者那样空疏了。