功不可没的南怀仁
除了受到康熙信任，南怀仁神父自己有意愿回到宫中，而且有能力应对朝廷中各种关系也是他能在康熙身边得以立足的关键。1665年历法案件审理中，南怀仁代表中风后不能说话的汤若望参与了各种审问和应答，他深知朝政的风险。所以在1669年，他决定重返朝廷政治绝对不是一时兴起，而是深思熟虑后的结果。其实在南怀仁上书朝廷的奏折中，就反映出他当时是有过犹豫的。在1669年2月天文观测证明传教士历法正确以后，朝廷任命南怀仁到钦天监任职。南怀仁写了一封很长的陈情奏折，希望朝廷能体谅他是一个传教士，不适合在朝廷做官。康熙收到礼部转过来的奏折，但仍坚持让南怀仁任职。南怀仁再次上书，写了一封更长的奏折给康熙，恳求康熙遂了他当神父的志愿，同时保证他会尽全力为钦天监干活，他唯一的要求是不要给他官衔。康熙收到奏折以后，又转给礼部，让礼部部议。礼部给出的结论是可以同意南怀仁不要官职，但是他必须收下相对应的俸禄。南怀仁接受了这个提议。南怀仁的这些上奏都是他内心挣扎的表现。终其一生，他都在为如何与政治保持距离而烦恼。1682年，他去世前六年，在跟随康熙出访塞外的日记中，他还在苦恼这个问题。
无论南怀仁内心如何挣扎，他侍奉康熙左右对整个传教事业还是有实际效果的。1665年历狱，汤若望被扳倒以后，传教士在朝中就没人了。南怀仁1669年重新出山，得到了康熙以及康熙内部圈子的信任，才让传教士又有机会走进紫禁城。作为康熙的老师，南怀仁长期陪伴在他身边，在康熙从十几岁到二十几岁的成长过程中，对他产生了深刻影响。按照现在的成长理论，这一时期正好是心智定型的关键期。从康熙的学业来看，他是从1669年铲除鳌拜以后才开始正式在礼部安排下学习汉语以及中国传统典籍。在学习中国诗书礼易的同时，康熙还跟着南怀仁学习代数、几何、天文和西方音律等欧洲学术科目。所以，康熙对西方科学的兴趣并不是偶然产生的，而是在南怀仁的培养下耳濡目染的结果。作为老师，南怀仁应该说是很成功的，他成功激起了学生康熙对西方学术的兴趣。南怀仁之后，后来的传教士徐日升（Thomas Pereira）、安多（Antoine Thomas）、白晋和张诚（Jean-François Gerbillon）都做过康熙的老师，他们都留下了很多康熙学习西方科目的记录。法国学者伊莎贝拉（Isabell Landry-Deron）综合几位传教士留下的日记和讲课材料，做了一份表格，标注了1690至1691两年时间中，三十六岁的康熙跟几位传教士在宫中学习的时间表。这张时间表反映的是南怀仁去世后（1688年），新来的传教士教授康熙西学的频率（见表3）。
康熙跟着传教士学习过西学，是历史上广为人知的。由于汉文、满文资料对康熙和传教士交往只有零星记录，人们一直不清楚康熙到底学了多少，学到了什么程度，对此缺少一个定量的认识。而从1690年这一年的学习频率中就可以看出，康熙学习西学，已经不是一般意义上的兴趣，而是在深入学习。1690年这个年份不是笔者有意挑选出来的，而只是各传教士留下的资料正好覆盖到这一年。1690年康熙已经三十六岁，这时他还能有这样密集的学习频率，可见康熙早年跟着南怀仁学习也很用功。南怀仁没有留下系统为康熙授课的记录，但他留有很多感叹教书很累的文字。而且南怀仁还感叹过，三藩之乱那么忙，康熙竟然还有心继续学习西方课程。南怀仁的这些文字和感慨，后来学者是存疑的，认为是南怀仁为了吹嘘自己能接近康熙而说的大话。但根据多个传教士从不同侧面留下的1690年的记录来看，康熙确实学习用功。而且1690年是康熙戎马一生中很忙的一年。1689年清朝刚和俄罗斯签订了《尼布楚条约》，断了准噶尔蒙古的后援。1690年，康熙开始出征剿灭日趋强大的准噶尔蒙古的噶尔丹汗。在表格中可以看到，这一年康熙一直都在召见传教士学习，五月和六月甚至天天都在学。但八、九、十月中断了学习，这是因为这期间康熙御驾亲征噶尔丹去了。